Hola,

Esto que te pasa es normal, depende el servidor si lo usas como usuario free tiene unas limitaciones que puede ser del tipo:

Tiempo para iniciar descarga
Limite de tráfico
Espera entre Archivos

Hay muchas mas depende el servidor, eso lo puedes comprobar en la pagina del servidor en cuestión.

Eso se puede solucionar configurando la reconexión automática de tu router, puedes leer un tutorial que hice acerca de esto en:

http://board.jdownloader.org/showthread.php?t=17498

Como funciona la reconexión:

Cunado intentas descargar un archivo de un servidor, te identificas en el con tu IP, te deja descargar y la bloquea por un tiempo, el tiempo de espera entre archivo y archivo, luego la libera para que puedas seguir descargando, de echo si no tocaras absolutamente nada, trascurrido este tiempo de espera JD seguiría descargando, pero para saltar esto hay que configurar la reconexión que lo que hace es reconectar tu conexión a internet obteniendo así una IP nueva, y cuando tratas de descargar del servidor nuevamente te identificas con la IP nueva simulando ser un usuario diferente.

Cualquier duda postea de nuevo

Saludos y suerte