Hola, te puedo recomendar unas cosas:

si estas en algún ciber o algún lugar publico (o en tu casa pero no creo que sea el caso) comprueba que no estés en un PC con un frezeador de disco.

Antes e cerrar el JD prueba de parar todas las descargas antes de cerrarlo

Asegúrate tener la ultima versión de JAVA (1.6.0_17), si no la tienes actualiza desde su web original

Es recomendable usar JD en la raíz del disco, normalmente C:/

Asegúrate tener todos los privilegios sobre el usuario, y ejecuta el JD en modo administrador

Como ultimo recurso puedes probar haciendo una instalación limpia del JD recordando salvar la carpeta config que es donde se guardan todas las configuraciones y los enlaces

Cualquier cosa postea de nuevo

Saludos y surte ^^