Lade mal die TestDatei
http://cdn8.appwork.org/speed.zip
mit JDownloader und aktiviertem Speedlimit und schau dir die Auslastung auf der Fritzbox und im Taskmanager/Netzwerkgraph in Windows an. Eine mögliche Ursache wäre das Firewall/AV ohne Limit laden und somit die Leitung auslasten. Das würdest du daran sehen das der Downloadspeed im Mittel größer ist als das im JDownloader eingestellte Speedlimit