Vale solucionado, era que tenia que elegir la casilla:
Ajustes → Opciones → Burbuja de notificación → Mostrar globos de Notificación → elegir la que dice: (Solo si Jdownloader esta minimizado en el área de notificación o barra de tareas) ← Asi ya salen los globos emergentes cuando haces una captura de un link...
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