Server können überlastet sein. Server können durch schlechtes Routing seitens deines ISP nicht mit Vollspeed angesprochen werden. Gründe gibt es sehr viele.
Ich empfehle einfach in den Einstellungen-Profieinstellungen->GeneralSettings.automaxdownloadsspeedlimit und dort dein Wunsch Speed einstellen (in byte). Dann startet JDownloader solange neue Downloads bis der Speed erreicht ist. Damit kann man dann auch solche Situationen gut meistern