Das tönt vielleicht banal, aber jede Belastung der gleichen Festplatten (für das Synology-Volume wo auch JD2 drauf läuft) wirkt sich stark auf die Downloadzeiten aus. Natürlich indirekt, weil die Platten nicht mehr nachkommen mit all dem RAID/BTRFS und allen Checks.
Wenn ich z.B. einen Film vom gleichen Volume wegkopiere wo JD2 gleichzeitig drauf schreibt, geht auf kleineren Synology praktisch gar nichts mehr. Das löst keine 100%-CPU oder RAM Last aus, man sieht es nur am Einbruch der DL-Rate.
Eine schlechte Idee ist es deshalb z.B. auch SABnzbd auf dem gleichen Volume laufen zu lassen wie JDownloader - meiner praktischen Erfahrung nach.
Vielleicht sollten die Vorredner sicherheitshalber noch prüfen, ob auf ihrer Synology nicht doch ein Backup oder sonstige datenlastige Aktionen während dem Download laufen (der Synology-Indexer ist auch so ein Übeltäter).