Por lo que explicas el problema está con uploaded, será mejor que contactes al soporte de ellos, ya que no es un problema relacionado con JDownloader. Todo esto se nota debido a que con los videos de YouTube te baja con la velocidad máxima.
También podes leer el siguiente post:
http://board.jdownloader.org/showthread.php?t=48813
De todas formas, cualquier opinión de los demás usuarios que tengan cuenta premium es bienvenida.
Saludos,