jajajaja... no era necesario restaurar windows... de acuerdo al foro del JD 2... segun se guarda un especie de respaldo en....
mira este hilo.. esta en ingles...
http://board.jdownloader.org/showthr...highlight=list
segun entiendo en tu carpeta de cfg debe haber un archivo como downloadlist.zip, si existe puedes recuperar tu lista...