Spróbuj uruchomić program z pliku JDownloader.jar (jest w folderze, %LOCALAPPDATA%\JDownloader 2.0). Wcześniej zainstaluj jave w wersji 64-bit (o ile nie instalowałeś wcześniej). Javę pobierzesz tutaj
https://java.com/pl/download/manual.jsp
Możesz też spróbować zmienić nazwę folderu jre np na jre.bak. Wtedy program przy uruchanianiu z pliku exe skorzysta z javy systemowej, a nie tej załączonej do programu.