Nur mal zur Klarstellung?! Ist in deinem Szenario ein Client ein JDownloader oder ein Client ala App/Webinterface...?
Ich tue mir schwer zu verstehen was genau das Problem ist.
Hast du den JDownloader installiert oder kopiert? Hast du beiden JDownloader unterschiedliche Namen gegeben?
Ich glaube das einfachste wäre wir schauen uns das gemeinsam via Teamviewer an. Schick mir einfach ne Mail an
support@jdownloader.org