Nie bardzo - to dość rozbudowany język skryptowy (
http://jdownloader.org/knowledge/wik...-header-script) , więc na pewno zwykły plik bat tego nie obsłuży.
Być może udałoby się napisać taki skrypt w Windows Powershell, ale wymagałoby to ręcznej przeróbki z LiveScript -> Powershell.
Natomiast, w JD2 dodano Harmonogram (Moduły Rozszerzeń) a w nim jest opcje związane z Ponownym Uruchomieniem: Włącz/Wyłącz.
Być może wystarczą one dla twoich potrzeb.