Bzgl Updates spielt es keine Rolle über es eine manuelle Installation oder über das 3rd Party Paket. JDownloader nutzt in beiden fällen das eigene Update-System.
Soweit ich weiß musst du nur den korrekten Ordner auswählen
Kann mich nicht erinnern, dass die beiden von dir genannten Ordner freigegeben sind
Glaube das war irgendwas mit /volume1/share/public oder /volume1/share/Downloads (groß-Kleinschreibung) beachten.
Du kannst im Script die Umask ändern (sollte sie eigentlich) so dass neu erstellte Dateien/Ordner auch von deinem Nutzer geändert werden können.