Vielen Dank für deine Antwort Jiaz.

Ich habe JDownloader im normalen Modus, also nicht im Headless-Modus, gestartet und dort die Unterordner-Regel deaktiviert. Es scheint nun zu funktionieren! Aber es wäre wirklich schön, wenn diese Einstellung auch bei my.JDownloader zu finden wäre.