Das Script ist schonmal *fehlerhaft*!
Bitte nicht --pidfile $PIDFILE nehmen. JDownloader speichert seine PID selbst in der Datei JDownloader.pid im JD Ordner. Die Lösung im Skript versagt sobald sich JDownloader mal neustartet /zb Installation von Updates!.
Ist zu dem Zeitpunkt wo das Script gestartet wird schon alles durch? Also Netzwerk initiiert und Laufwerke gemountet?
Das Skript alleins in init.d reicht nicht! du musst natürlich noch das Skript den entsprechenden Runlevels zuweisen
Oder machst es einfach und rufst es von in /etc/rc.local auf
