Warum ist der Pausemodus doof? Der würde zumindest deine übersprungene Files verhindern und verhält sich abgesehen von der reduzierten Downloadgeschwindigkeit (lässt sich einstellen) genauso als ob du auf einen der gerade laufenden DL eine Haltemarke setzt: es werden keine neuen DL gestartet und die gerade laufenden werden beendet.
Übrigens lassen sich die übersprungenen Files mit einem Klick auf das Symbol in der Statusleiste zurücksetzen.
Eine Haltemarke (mehr als eine gabs nie) kannst du auch weiterhin setzen, nur nicht per Button so wie in 0.9.
Edit: Du kannst dir einen Button erstellen, der das gewünschte tun sollte. Dummerweise funktioniert der hier jedoch nicht.