Schau mal in der Suchfunktion und hier
https://board.jdownloader.org/showthread.php?t=70525
Ich glaube mgpai hat hier schonmal ein Skript geschrieben das vor einem Downloadstart prüfen kann ob eine Datei schon in einem anderen Ordner ist. Sofern der Dateiname die VideoID enthält, könnte man via Script ebenfalls vorhandene Links entfernen/deaktivieren.