Wenn der Ordner via Rechtsklick geändert wird, dann verschiebt JDownloader ebenfalls die Dateien von A nach B. Wenn noch immer Speicher belegt sein sollte, so am besten via ssh/putty den entsprechenden Ordner mal von Hand prüfen. Gerne kann ich via Teamviewer helfen, schreib mir einfach an
support@jdownloader.org