Hola.
Decir que yo tampoco he tenido problemas para apagar el PC después de finalizar las descargas.
Lo tengo configurado así (Es JD2)
1- Está activado el icono "apagar al finalizar las descargas"
2 - Está habilitada la función " apagado automático"
3 - Habilitado "forzar apagado" y "mantener apagado automático habilitado".
Lo dicho, sin problemas.
Nota: primero marcar 2, luego 3 y por último 1, ya que primero, hay que habilitar el apagado automático, luego configurarlo y por último, activarlo.