JDownloader konvertiert nicht sondern extrahiert lediglich. Früher gab es eine low Quality MP3 Tonspur im FLV Video, welches heute nicht mehr gibt, daher auch kein MP3.
Mittels externen Tools einfach nachträglich entweder von Hand oder über den Eventscripter, siehe
https://board.jdownloader.org/showthread.php?t=70525
in das gewünschte Format konvertieren