Merci de ton aide ça m'a aidé à voir plus clair.
En fait j'enregistre directement à la racine d'une partition ce que jdownloader ne semble pas accepter lorsque je relance l'application puisqu'il me redemande de configurer à nouveau. J'ai donc indiqué le dossier par défaut lorsque j'ai relancé l'application et ensuite changé par le dossier voulu dans les préférences et la plus de problèmes, quand je relance.

Voila ma solution si ça peut aider quelqu'un.