Es normal que te lo cierre pero rendiría que volverlo a abrir, de aquí la importancia de tener JD en la raíz del disco como te comente anteriormente, por esto es probable que te lo cierre, porque cuando detecta actualizaciones te pone un cartel con cuenta regresiva y cuando termina si no le has dicho lo contrario actualiza, con esto cierra JD para actualizar pero no lo abre de nuevo pero visita este post quizás te sirva:

http://board.jdownloader.org/showthread.php?t=13002

Saludos y suerte