Ich hatte das gleiche Problem, habe jetzt aber glaube eine Lösung gefunden.

Ich habe unter Systemsteuerung>Java>Temporäre Internetdatein>Einstellungen>Datein löschen

alle temporören Sachen gelöscht, und siehe da...er hat eine ganze Nacht durchgehallten (vorher stieg sogar die Speicheranzahl wenn garnix gedownloaded wurde und nur jdownloader an war...)