Das Problem gabs schon mal, wurde aber eigentlich beseitigt. Bei mir ist es schon ewig nicht mehr aufgetreten.
https://board.jdownloader.org/showthread.php?t=64562
Minimierst du den JD in die Taskleiste oder den Infobereich? Beim Minimieren in die Taskleiste gabs das Problem, dass der Fokus nach den Captcha-Dialogen nicht wieder an die Anwendung zurückging, die den Fokus zuvor hatte. Ich weiß jetzt nicht, ob das Problem inzwischen gelöst ist, aber vielleicht ist das bei deinem Fokusproblem ja hilfreich.