Estoy colocando un montón (miles) de enlaces que contienen muchos archivos que se repiten entre si con exactamente el mismo nombre y del mismo servidor, solo que el enlace puede terminar en /2 o /3 (por ejemplo) y contener el mismo archivo con las características anteriormente mencionadas.
Entonces, Jdownloader no los filtra, es decir, siempre coloca la lista con todos aunque tengan el mismo nombre, tamaño, extensión y vengan del mismo servidor pero tengan diferente enlace.

Si Jdownloader 2 no los filtra, quisiera saber que configurarle para que lo haga.

[lobunia1]

Pon algún ejemplo.
Normalmente, suele indicar que ya está en la pestaña de descargas, pero para eso, debes añadirlo antes a la pestaña de descargas y después, si sigues añadiendo enlaces a la pestaña de enlaces, ya te que esos nuevos que has añadido, están ya en la pestaña de descargas.

[Lram32]

Enlaces de ejemplo, y capturas de pantalla por favor.