A ver si consigo explicarme.
Con el asunto de las contraseñas y a fin de evitarme unos listados engorrosos, tengo habilitada la posibilidad de que el JDownloader extraiga los archivos una vez acabada la descarga, para no tener que mirar la contraseña de cada paquete, sobre todo si son muchos;), pero ocurre que si en el proceso hay dos archivos con el mismo nombre, por ejemplo, front1, CD1, etc, el programa sobrescribe y se pierden los primeros. ¿Hay alguna posibilidad de que el JD no haga esto, o que renombre front(1), front(2), etc?

Pues.... una especie de solucion:
En Configuracion > Descarga/Red activa la opcion Crear Subcarpeta incluyendo nombre del paquete.

Y esos archivos con el mismo nombre dejalos en paquetes distintos, asi cuando se descarguen, estaran en carpetas distintas, por lo que al extraer, no se sobreescribiran.

Gracias. También he destildado la opción de sobrescribir archivos existentes, a ver que tal.
Sé que hay que poner un monumento y agradecer a todos aquellos amigos que suben un disco, pero deberían aprender que cuando se suben discos distintos hacerlo por carpetas y cada uno su nombre, tampoco es pedir mucho, en lugar de ponerles a todos el mismo, que como te decía, al descomprimirse se sobrescriben.
Saludos.