Se que se trata de un post muy antiguo pero al encontrarme el problema es el primero que ha aparecido. Lo dejo por si ayuda a alguien en el futuro...
Creo que el problema es que no estamos teniendo en cuenta que JDownloader funciona sobre una maquina virtual
Tanto si estamos en Linux, como en OS X como en Windows tenemos un panel de control/Preferencias de java donde configuramos la cantidad de cache/archivos temporales (limitada en 1000MB por defecto) y donde podemos eliminar su contenido.
Una vez eliminados los archivos a mi me ha desaparecido el mensaje. Imagino que había llegado al límite.