Der Paketverwalter dient der automatischen Anpassung von irgendwelchen Eigenschaften wie Namen, DownloadOrdner, An/Aus usw. Unter anderem gibt es eine Regel die automatisch einen Unterordner mit dem Paketnamen anlegt, siehe den von mir geposteten Link.
Die Einstellungen im Entpacker betreffen aber den Entpacker und dort kann man dann Archive je nach Einstellung an einen anderen Ort entpacken lassen und dann auch sehr individuell UnterOrdner oder nicht. Zb ein Archiv welches einen Unterordner hat, da braucht man keinen weiteren. Oder ein Archiv wo nur eine Datei rauskommt, dort evtl auch nicht. Aber falls mehrere Dateien im Root des Archives liegen, dann möchte man evtl gerne einen Unterordner für das Archiv anlegen ...usw
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